Prima aplicație cunoscută a criptografiei se crede a fi folosirea hieroglifelor speciale în urmă cu aproximativ 4.000 de ani în Egiptul Antic. Elemente de criptografie au fost găsite deja în inscripțiile Regatelor Vechi și Mijlocii, texte complet criptografice sunt cunoscute încă din perioada dinastiei XVIII. Scrierea jeroglifică, derivată din pictografie, era plină de ideograme și, ca urmare a lipsei de vocalizare, a făcut posibilă crearea de fonograme după principiul puzzle-urilor.
Criptografia egiptenilor nu a fost obișnuită pentru a îngreuna lectura, ci mai probabil, din dorința cărturarilor să se depășească reciproc în spirit și ingeniozitate și, de asemenea, cu ajutorul neobișnuitului și misteriosului, să atragă atenția asupra textelor lor. Unul dintre exemplele ilustrative este textul glorificării nobilului Khnumhotep II (sec. XIX î. Hr.) găsit într-un mormânt bine conservat nr. BH 3 din zona Beni Hasan.
Vechii egipteni foloseau cel puțin trei sisteme de criptare.
În textele antice indiene, dintre cele 64 de arte, sunt numite metode de schimbare a textului, unele dintre ele putând fi atribuite celor criptografice. Autorul tabletei cu rețeta pentru fabricarea glazurii pentru olărit din Mesopotamia a folosit desemnări rare, a omis litere și a înlocuit nume cu numere pentru a ascunde ceea ce a fost scris. În viitor, există diverse referințe la utilizarea criptografiei, cele mai multe fiind legate de utilizarea în afacerile militare.
Odată cu apariția scrierii fonetice, scrierea a fost imediat simplificată. În vechiul alfabet semitic din mileniul II î. Hr., erau doar aproximativ 30 de caractere. Au notat consoane, precum și unele sunete vocale și silabe. Simplificarea scrierii a dus la dezvoltarea criptografiei și a criptării.
Exemple de utilizare a criptografiei pot fi găsite în cărțile sfinte evreiești, inclusiv cartea profetului Ieremia (sec. VI î. Hr.), unde s-a folosit o metodă simplă de criptare numită atbash. În locul primei litere a alfabetului, ei au scris ultima, în locul celei de-a doua - penultimul și așa mai departe.
Unul dintre cele mai vechi dispozitive criptografice cunoscute este skitala, cunoscută și sub numele de „cifrul Spartei antice”. Skitala (sau scitala din greacă σκυτάλη, bagheta) este un dispozitiv folosit pentru a efectua criptarea permutării. Skitala era formată dintr-un cilindru și o fâșie îngustă de pergament înfășurat în jurul său într-o spirală, pe care era scris un mesaj. Acest dispozitiv a fost inventat de spartani și se știe că a fost folosit în războiul Spartei împotriva Atenei la sfârșitul secolului al V-lea î. Hr. e.
