Raport privind rezultatele analizei genetice a probelor de țesuturi provenite din mumii găsite în Peru. Acest raport a fost pregătit în noiembrie 2018.
Interpreții
- Laboratoare CEN4GEN (6756 - 75 Street NW Edmonton, AB Canada T6E 6T9) - Pregătirea și secvențarea probelor.
- ABRAXAS BIOSYSTEMS SAPI DE CV (Mexic) - analiza datelor computerizate.
După o analiză preliminară pentru calitate, 3 probe au fost prelevate din 7 eșantioane trimise pentru analize suplimentare.
Probele pentru analiză
| Desemnare | numele original | Numele condiționat | Imagine |
| Ancient-0002 | Gâtul osului Med așezat 00-12 Victoria 4 | Victoria | Fig. 3.117 |
| Ancient-0003 | 1 mână 001 | Mâna separată cu 3 degete | Figura 3.118 |
| Ancient-0004 | Momia 5 - ADN | Victoria | Fig. 3.117 |
Pentru aceste probe, s-au efectuat următoarele operații:
Video promotional:
- Extragerea ADN-ului.
- Verificarea calității ADN-ului
- Înmulțirea ADN-ului.
- Crearea bibliotecii ADN
- Secvențiere ADN
- Formarea datelor secvențiate purificate.
- Control de calitate.
- Analiza preliminară prin suprapunerea ADN-ului citeste pe genomul uman.
- Analiza pentru izolarea ADN-ului scurt citeste tipic ADN-ului antic.
- Suprapunerea ADN-ului Ancient 20003 citește pe bibliotecile genomului uman existente.
- Analiza mitocondrială pentru detectarea variantelor buclei D și a altor site-uri informative pentru determinarea haplotipurilor mitocondriale.
- Determinarea sexului probelor Ancient0003.
- Identificarea posibilelor organisme străine în probe.
- Analiza bazelor de date ADN pentru identificarea asemănărilor cu organismele cunoscute.
Figura 3.117. Extragerea probelor din gâtul Victoria.
Pentru identificarea posibilelor tipuri de organisme prezente în eșantioanele Ancient0004 și Ancient0002 (Victoria), s-a efectuat schițarea ADN-ului (Ondov și colab., 2016), în care grupuri de fragmente scurte, k-mers, au fost comparate cu bazele de date disponibile. A fost folosit software-ul BBTools.
Au fost testate următoarele organisme:
- Bacterii.
- Virus.
- Plasmidele.
- Fagi.
- Fungi.
- Plastide.
- Diatomeele.
- Uman.
- Bos Taur.
- H penzbergensis.
- PhaseolusVulgaris.
-
Mix2: Etichetă pentru următorii genomi:
- Cloroplast de Lotus japonicus, genom complet.
- Canis lupus familiaris COR9S3P familie de receptori olfactivi 9 subfamilia S pseudogene (cOR9S3P) pe cromozomul 25.
- Mitocondriul Vigna radiata, genom complet.
- Cloroplast Millettia pinnata, genom complet.
- Curvibacter lanceolatus ATCC 14669 F624DRAFT_scaffold00015.15, secvență de pușcă întreagă a genomului.
- Asinibacterium sp. OR53 scaffold1, secvență de pușcă întreagă a genomului.
- Bacillus firmus tulpina LK28 32, secvență întregi de pușcă a genomului.
- Bupleurum falcatum cloroplast, genom complet.
- Alicycliphilus sp. B1, întreaga secvență de pușcă a genomului.
- Tulpina de Bacillus litoralis C44 Scaffold1, secvență de pușcă întreagă a genomului.
- Chryseobacterium takakiae tulpina DSM 26898, secvență întreagă de pușcă a genomului.
- Paenibacillus sp. FSL R5-0490.
- Tulpina de bacillus halosaccharovorans DSM 25387 Scaffold3, secvență de pușcă întreagă a genomului.
- Rhodospirillales bacteria URHD0017, secvență întreagă de pușcă a genomului.
- Tulpină de Bacillus onubensis 10J4 10J4_trimmed_contig_26, secvență de pușcă întreagă a genomului.
- Radyrhizobium sp. MOS004 mos004_12, secvență de pușcă întreagă a genomului.
- Bacillus sp. UMB0899 ERR1203650.17957_1_62.8, secvență întreagă de pușcă a genomului.
-
Vertebrate: Etichetă pentru următorii genomi:
- Amblyraja-radiata_sAmbRad1_p1.fasta.
- bStrHab1_v1.p_Kakapo.fasta.
- bTaeGut1_v1.p_ZebraFinch.fasta.
- GCA_000978405.1_CapAeg_1.0_genomic_CapraAegagrus.fna.
- GCA_002863925.1_EquCab3.0_genomic_Horse.fna.
- GCF_000002275.2_Ornithorhynchus_anatinus_5.0.1_genomic.fna.
- GCF_000002285.3_CanFam3.1_genomic.fna.
- Macaco_GCF_000772875.2_Mmul_8.0.1_genomic.fna.
- rGopEvg1_p1_Gopherus_evgoodei_tortuga.fasta.
- Protozoare.
Figura 3.118. Imagine și radiografie a două mâini cu trei degete.
După toate filtrele, s-au primit 27974521 citiri pentru Ancient0002 și 304785398 citiri pentru Ancient0004. Acest lucru arată că 27% din ADN-ul din eșantionul Ancient0002 și 90% din ADN din eșantionul Ancient0004 nu pot fi identificate cu probele de ADN ale organismelor analizate din bazele de date disponibile.
Următoarea etapă a analizei a fost realizată folosind software-ul megahit v1.1.3 (Li și colab., 2016). Următorul rezultat a fost obținut:
- Ancient0002: 60852 contiguri, total 50459431 CP, min 300 CP, max 24990 CP, media 829 CP, N50 868 CP, 884.385 (5,39%) citesc asamblate.
- Ancient0003: 54273 contiguri, total 52727201 CP, min 300 CP, max 35094 CP, media 972 CP, N50 1200 CP, 20.247.568 (65,69%) citește.
Rezultatul analizei este prezentat în figură.
Figura 3.116. Raportul de citiri clasificate pentru 28073655 Ancient0002 citește (graficul de sus) și 25084962 Ancient0004 citește (graficul de jos) în comparație cu 34904805 baza ADN reprezentând 1109518 grupuri taxonomice.
Concluzie
Ca urmare a analizei, s-a demonstrat că eșantioanele Ancient0002 și Ancient0004 (Victoria) nu corespund genomului uman, în timp ce eșantionul Ancient0003 corespunde bine cu cel uman.
Comentariu de Korotkov K. G
Rețineți că mâna cu trei degete aparținea unei creaturi mari, cu dimensiuni comparabile cu Maria, iar rezultatul obținut corespunde rezultatului analizei ADN-ului Mariei. Victoria este un reprezentant al „micilor creaturi”, iar rezultatul arată că ADN-ul lor nu se potrivește cu nicio creatură pământească modernă. Desigur, nu avem date despre creaturi străvechi care au dispărut de-a lungul a milioane de ani.
Link-uri
- Corvelo, A., Clarke, WE, Robine, N., & Zody, MC (2018). taxMaps: clasificare taxonomică cuprinzătoare și extrem de precisă a datelor citite scurt în timp rezonabil. Cercetarea genomului, 28 (5), 751-758.
- Gamba, C., Hanghøj, K., Gaunitz, C., Alfarhan, AH, Alquraishi, SA, Al-Rasheid, KAS, … Orlando, L. (2016). Compararea performanței a trei metode antice de extracție ADN pentru secvențarea cu un randament mare. Resurse de ecologie moleculară, 16 (2), 459-469.
- Huang, W., Li, L., Myers, JR, & Marth, GT (2012). ART: un simulator de citire de secvenție de generație următoare. Bioinformatică, 28 (4), 593-594.
- Li, D., Luo, R., Liu, C.-M., Leung, C.-M., Ting, H.-F., Sadakane, K., … Lam, T.-W. (2016). MEGAHIT v1.0: Un ansamblu rapid și scalabil de metagenom condus de metodologii avansate și practici comunitare. Metode, 102, 3-11.
- Ondov, BD, Treangen, TJ, Melsted, P., Mallonee, AB, Bergman, NH, Koren, S., și Phillippy, AM (2016). Mash: estimarea rapidă a distanței genomului și metagenomului folosind MinHash. Genom Biology, 17 (1), 132.
- Schubert, M., Ermini, L., Der Sarkissian, C., Jónsson, H., Ginolhac, A., Schaefer, R., … Orlando, L. (2014). Caracterizarea genomurilor antice și moderne prin detectarea SNP și analiza filogenomică și metagenomică folosind PALEOMIX. Protocoale de natură, 9 (5), 1056-1082.
- Weissensteiner, H., Forer, L., Fuchsberger, C., Schöpf, B., Kloss-Brandstätter, A., Specht, G., … Schönherr, S. (2016). mtDNA-Server: analiza datelor de secvențiere de generație următoare a ADN-ului mitocondrial uman din cloud. Cercetarea acizilor nucleici, 44 (W1), W64-W69.
- Zhang, J., Kobert, K., Flouri, T., & Stamatakis, A. (2014). PEAR: o combinație rapidă și precisă de reAd combinat Illumina Paired-End. Bioinformatică, 30 (5), 614-620.
Materiale furnizate de Konstantin Georgievich Korotkov (doctor în științe tehnice, profesor, Universitatea de tehnologii informaționale, mecanică și optică) și Dmitry Vladislavovich Galetsky (candidat la științe medicale, I. P. Pavlov Prima Universitate medicală de stat din Sankt Petersburg)
