În 1531, Francisco Pizarro a fost primul care a aterizat pe coasta a ceea ce este acum Ecuador. Acolo a descoperit un imperiu care se întindea aproape trei mii de mile de-a lungul coastei de vest a Americii de Sud. Era marele imperiu al incasilor.
Populația acestui imperiu era de 16 milioane de oameni, era mai mare decât orice stat european care exista la acea vreme. Imperiul era bine condus. Fiecare cetățean lucra, iar gurile de stat erau pline de grâu, astfel încât nimeni nu-i era foame, chiar dacă a existat o recoltă slabă în vreo provincie. Drumuri bune au dus în toate părțile țării, așa că știri și decrete au ajuns în fiecare sat.
Viața în imperiul Inca era complet controlată și toată lumea era atât de ascultătoare încât poate de aceea s-a prăbușit imperiul. Când Pizarro a invadat imperiul împreună cu cei 180 de soldați ai săi, a izbucnit un conflict între liderii incaci Huascar și jumătatea fratelui său Atahualpa, care ar trebui să fie conducătorul. Atahualpa a câștigat.
Pizarro l-a capturat prin trădare. În același timp, Huascar a fost capturat și ucis. Apoi Pizarro a ucis și Atahualpa. Imperiul Inca a rămas fără un lider și nu a putut rezista invaziei spaniole.
Indienii americani erau obișnuiți să asculte, dar acum ordinele erau date de cuceritorii spanioli. Spaniolii s-au interesat de mineritul incas pentru minerale, așa că i-au obligat să lucreze în mine. Agricultura pe care au neglijat-o. Mulți indieni au murit din cauza muncii grele și a lipsei de mâncare. Imperiul Inca a căzut în degradare.
Mulți indieni au supraviețuit acestei perioade, iar urmașii lor au devenit principala populație a Anzilor din Ecuador, Peru și Bolivia.
